La Universidad Autónoma de Yucatán tiene como misión la formación integral y actualización científica de personas en diversas áreas del conocimiento, así como contribuir al desarrollo social y tecnológico, proporcionando soluciones innovadoras y sustentables a las necesidades regionales, nacionales y mundiales.

Consolidar a la Universidad Autónoma de Yucatán en la modalidad a distancia como un espacio académico abierto para la formación profesional y de posgrado, reconocido nacional e internacionalmente como un referente en diversas áreas del conocimiento, así como por su comprometido sentido de trascendencia en el desarrollo científico, económico y social de Yucatán y de la región sur-sureste de México y de respeto al medio ambiente.